Jedným z najdôležitejších cieľov Pro Silvy je zachovanie a rozvoj všetkých hodnôt lesa, či už pre spoločnosť alebo prírodu samu. Dôležitou súčasťou týchto hodnôt je rôznorodosť foriem života a organizmov lesného ekosystému.
Rôzne organizmy a formy života môžu byť naviazané na určité fázy vývoja alebo sukcesné štádiá lesa, vrátane fáz rozpadu, otvorených plôch, a rôzne druhy biotopov vrátane stojatej a tečúcej vody. Súhrn všetkých organizmov žijúcich v určitom lese vytvára špecifickú biodiverzitu daného lesného ekosystému, ktorý je súčasťou celkového spektra globálnej biodiverzity.
Biodiverzita zahŕňa všetky živé organizmy (biota) bez ohľadu na to, či majú alebo nemajú komerčnú hodnotu alebo využitie pre spoločnosť.
Diverzita druhov a vzťahy medzi nimi utvárajú konkrétny lesný ekosystém. Jej zachovanie je preto pre daný ekosystém nevyhnutné. To platí bez ohľadu na akékoľvek ľudské potreby.
Vysoká úroveň biodiverzity predpokladá obsadenie všetkých ekologických ník, čo zároveň vytvára určitú odolnosť voči inváznym a cudzím druhom.
Zachovanie druhovej diverzity má značný význam aj pre využívanie lesného ekosystému spoločnosťou. Popri využívaní dreva a mnohých iných lesných produktov treba pamätať na potenciálne ekosystémové služby, ktoré môžu mať v budúcnosti trhovú hodnotu.
Okrem toho je dôležité poznamenať, že zachovanie biodiverzity vedie (vo všeobecnosti) k zníženiu ekologických a ekonomických rizík.
Ochrana a udržiavanie biodiverzity musí byť integrálnou súčasťou stratégií lesného hospodárstva ako aj cieľov hospodársko-úpravníckeho plánovania.
V rámci hospodárenia sa môžu využiť nasledovné prístupy na zachovanie a ochranu biodiverzity:
